2019년 11월 강제북송한 북한 어민과 관련해 당시 문재인 정부 청와대가 국가정보원보다 이를 먼저 인지하고 있었다는 주장이 제기됐다. 탈북한 선원 2명은 동료 16명을 살해하고 귀순 의사를 밝혔으나 판문점을 통해 북한으로 추방됐다.

대통령실 핵심 관계자는 15일 당시 북한에서 북한 선원이 탄 배가 남측으로 내려가고 있다는 사실을 청와대에 미리 알렸다는 정황을 포착했다고 전했다. 북측이 사실상 이들을 나포해 되돌려 보내라는 의도를 내비친 것이라고 이 관계자는 해석했다.

또 청와대가 국정원보다 해당 사안을 먼저 인지했다는 정황도 있다고 했다. 통상 북한 관련 정보는 국정원이나 국방부 등이 접수해 청와대에 보고하는 절차로 다뤄지곤 한다.

문재인 정부는 그간 북한이 송환을 요구한 적 없다는 입장을 견지해왔다. 2019년 11월 김연철 당시 통일부 장관은 국회 외교통일위원회에 출석해 “북한이 송환을 요구한 적은 없고 저희가 원칙과 기준을 가지고 (송환을) 결정한 것”이라고 밝혔다.